Simon Baker est né en Australie, le 30 juillet 1969. Il est le fils d'Elizabeth Labberton, professeur d'anglais au lycée, et de Barry Baker, mécanicien. Sportif confirmé pendant toute son adolescence, il ne destine pas du tout à une carrière d'acteur.
Il débute à la télévision australienne vers la fin des années 1980, sous le nom de "Simon Baker Denny". Il a tout d'abord tourné dans des clips avant de faire des apparitions dans des séries à succès comme E Street, Home and Away ou Hartley, coeurs à vif. Il a ensuite déménagé aux États-Unis.
Il réussit le casting de L.A. Confidential, pour un rôle court mais important et qui lui ouvre la porte du cinéma. En 2000 il joua un astronaute dans Planète rouge. A la télévision, il obtient le rôle principal de la série Le Protecteur, qui a commencé en 2001 et qui dure trois saisons; Récemment, on a pu le voir sur le grand écran dans le rôle de Christian Thomson dans Le diable s'habille en Prada.
Simon Baker est marié depuis 1998 à Rebecca Rigg, avec qui il a trois enfants. Naomi Watts et Nicole Kidman ne sont autres que les marraines de deux de leurs enfants.